８０年代后期，由于单一高考对承担“双重任务”的高中教育导向的偏颇，高中教学片面追求升学率的现象愈演愈烈，高考升学率成为评估学校、教师和学生的唯一依据，高考落榜的高中毕业生被视为“失败者”。为了抑制这种不良现象，教育部（原国家教委）决定改革考试制度，建立高中毕业会考制度，将水平考试和选拔考试分开。１９９０年６月６日，原国家教委发出《关于在普通高中实行毕业会考制度的意见》，从此，一种新的考试制度诞生了。高中会考成绩开始作为评价学校教学质量和招工、招干、参军的文化成绩依据。
高中会考是以测量和评价学生学业水平、学校教学质量为主要目的的水平考试。为了改变学生动手能力弱、高分低能等现象，高中会考工作者勇闯难关，开展高中会考实验操作考查的研究，并成功地制定出统一命题、分校实施、群体考核、指导验收的实施方案。
高中会考制度在科学理论的指导下规范而全面地实施，在全国各地都取得了明显成效：引导学校转变了教育观念，调动了广大普通高中的办学积极性，“把所有学校都办好、把全体学生都培养合格”成为全国中学教育的追求目标，保证了国家教学计划的执行；偏科现象得到了纠正，片面追求升学率的现象得到缓解，薄弱学校、学科得到了加强，有力地配合了高考改革。