第一个误区：有人认为３＋Ｘ使中学生更加偏科。高校选考什么，中学就教什么，学生就学什么。有的中学甚至在高一就开始按科类分班教学。这些现象的出现，不能完全归咎于高考，更不能依靠高考来解决。偏科问题能否解决，主要看中学能否严格执行教学计划。在目前，作为评价中学教学质量和衡量高中生能否毕业的会考制度才是纠正偏科现象的有效手段。因此，必须进一步严格会考管理，提高会考信度。刘育民说：“我们要提醒想过早偏科的中学和学生，随着高中会考管理的严格和规范化，不打好全面的文化基础，将会减少甚至失去上大学的机会；随着改革的深化，‘Ｘ’的内涵和外延都是变化的，高校根据专业和学科的需要，在选择科目上也会有所变化。偏科对任何一个想考入大学的高中毕业生都是有害无益的。”
第二个误区：有人认为３＋Ｘ改革要减轻学生负担。其实依靠高考科目改革来达到减轻学生负担只是一种奢望。目前我国高等教育远未满足国民对子女升学的迫切需要，在同龄人的高校入学率只有６．５％的情况下，在现实社会实行的人事制度、户籍制度以及就业、提干文凭倾向的情况下，高考竞争在某种意义上意味着就业竞争的开始，无论是３＋１还是３＋６，事实上学生在竞争中获胜的概率是一样，少考一科只是起到某种心理调节作用，实际上并不是减轻学生负担。
第三个误区：认为３＋Ｘ等于３＋１。从３＋Ｘ改革实施近一年的情况来看，有一个问题值得探讨，许多高校在选择Ｘ考试科目时，过多地考虑生源的竞争，只选择一门科目；一些原计划选两门科目的著名高校在获知同类高校只选一门后，也打了‘退堂鼓’。据统计，今年在粤招生的４７６所普通高校（专业）选考两门的只有５３所，仅占１２％。一些中学在引导学生选考时，公开声称３＋Ｘ就是３＋１，动员学生选考一门，甚至禁止学生选两门。刘育民强调，必须明确指出，３＋Ｘ不是３＋１。为避免偏离改革宗旨的现象发生，在明年高考科目的改革中，将对重点本科院校或本科院校统一规定选择两门以上的考试科目。