研究院由两院院士、清华大学教授吴良镛主持设计。它位於曲阜孔庙南侧,全部工程占地九点五公顷,建筑面积三万六千平方米;其中,一期工程占地六点五公顷,建筑面积两万平方米。现已完成投资九千多万元人民币。
孔子研究院相当於古代的「明堂辟雍」,是现代礼制建筑。在总体布局上借鉴了「河图」、「洛书」和「九宫」的观念,使建筑既具有象徵性、纪念性和时代性,又与环境完善融合。其建筑布局不但实用而且还包融着儒家思想的内涵,博物院、图书馆、广场等主体建筑采用方圆结合的形式,意在西汉末年「高台明堂」原型上的创新。此外还借鉴战国铜器等近於孔子时代的建筑形象,以冲击人们的视觉意识,增强感性效果。
除具有浓厚的学术气息和科研氛围外,孔子研究院融建筑、园林、绘画、书法、雕塑以及工艺美术於一体,充分体现了高度的民族艺术内涵和时代特色。
建成后的孔子研究院不仅成为一座充分显示东方文化特色的孔子博物馆,用来收藏、整理、汇编古今中外浩如烟海的关於孔子儒学文献资料,而且是孔子及儒学研究、信息交流、培训人才等机构。
孔子研究院落成典礼结束后,在其主楼二、三层同时举办了大哉孔子展和孔府文物精品展,全面系统生动地展现了孔子生平事迹、博大精深的思想体系。