面对众说纷纭的“素质教育观”，史宁中校长自有一套看法：“素质教育的重心依然是在学科之内，在于学科教育的改革，在于教学方法和教学手段的改革。”
乍闻此言，再回想被沉重的课业负担压得喘不过气来的学生，他的说法竟有些为应试教育开脱的意味。
史宁中澄清自己的观点：“目前的教育方式是存在问题。我们的教师过分倚重学科知识本身的传授，并且要求学生侧重于学科知识本身的记忆与理解。学生只知结果，不知过程。以勾股定理为例，我听过一些中学的课，老师只是告诉学生怎样在习题中应用定理，可学生根本不清楚它的实际应用价值。简单举例，进行天气情况预测的模型就是根据勾股定理制作的。单纯的公式，怎能引发学生的兴趣与思考？这显然与我们希望达到的素质教育不相适应。”
他勾画一个轮廓：“一位能够进行素质教育的教师，或许对本学科的前沿发展的一些细节掌握得不够深刻，但对本学科的总体应有所把握，对一些重要的概念、理论、方法的产生背景和来龙去脉，特别是其思想方法和创新之处能够了如指掌，从而在教学过程中，通过这些去启发学生，达到‘激发学生独立思考和创新的意识，切实提高质量’的目标。”
东北师大为传统意义上的教书育人赋予了新的涵义。
变化首先来自学生的课程安排。“我们要给学生更多的时间去消化和思考，给学生更多的兴趣选择。”他解释，过去课程安排太紧，如今课时从一天6个小时减到4个小时；课程也随之系列化。以中文系为例，分为写作、文艺理论等4个系列。从二年级下学期开始，学校要求学生根据自己的兴趣，60～70％的课都在一个系列里选择，尽可能在一个专业里深造；文理科的课程开始交叉，文科学生要了解自然科学的发展，理科生也要培养人文素质。史宁中每周都要搞讲座，“我告诉同学们，结果记不记不要紧，最主要的是学会思考的过程，学会抽象与逻辑的推理和思考”。
学生的培养模式也发生了转变。最突出的表现莫过于学生干部轮换制。现在每半年学生干部就要轮换一次，一次要换掉三分之二的人。每次都是重新培养，培养学生们的组织能力、社会协调能力和心理素质。“以今年的毕业生为例，每个人都当过干部。相对而言，老师的工作会比以往更辛苦，可学校的工作就是培养人，培养出能够培养学生的学生，培养出能够进行素质教育的老师。”他认为，“如果我们在大学拼命地管学生，那他们毕业以后就会更加严格地管理他们的学生。我不想形成一种恶性循环。我希望我们的毕业生，不论在哪里当老师，不要一个劲儿地管学生，不要总是斥责学生和家长，而是寻找各种机会去培养学生。”
这样培养出来的学生，史宁中认为才有师大自己的特色：“一有敬业精神，二有完整的知识结构，三有足够的综合能力。我要求师大的毕业生要爱学生，做每一件事，都要看是否有利于培养学生。”他明确表态：“师范院校是为基础教育服务的。我们要努力培养能够进行素质教育的老师。”