柯瓦雷纲领也是一种带有综合性的研究纲领，只是它将这种综合约束在狭义科学思想史的范围之内。它将所要探讨的思想过于狭窄地理解为科学思想以及对科学思想的进步起到过促进作用的其它人类思想，至于其它因素，则一概不予考虑。因此，一旦它作为科学史研究主传统被确立下来，它就必然会否定或排斥其它一切不能纳入其中的科学史研究。事实上，在60－80年代，在正统科学思想史家与其它类型的科学史家之间，在默顿论题、科学革命、牛顿炼金术的性质、辉格史方法、科学史教学等问题上，曾爆发过一系列激烈的争论。简言之，随着柯瓦雷式科学思想史的崛起，萨顿的综合发生解体，科学史研究也由此步入一个在研究形态上急剧分化、以碎片史研究为主的发展时期。

　　就在职业化时期，在激烈的批评声中，科学社会史研究以及其它类型的非内史研究开始全面崛起。由于两次世界大战的发生，西方社会对科学和技术的社会基础及后果表现出高度关注，在这种背景下，科学社会史研究的价值与意义也开始变得明朗、突出。默顿（K．R．Merton）写于20世纪30年代的《17世纪英国科学、技术与社会》在此时得到广泛的解读。默顿并没有像萨顿、柯瓦雷那样为科学社会史研究提供一份明确的、理论化了的纲领，但他的著作却为其后继者展示了导向和示范作用，为科学社会史的崛起提供了一个最起码的认知模板。

　　自60年代以来，科学史领域一直处于不断分化的局面之中：内在论与外在论之间的基本对峙非但没有消除，反而深深地渗透于科学史的各个不同的子研究领域中。作为对这种趋势的逆动，库恩（T．S．Kuhn）等人曾有意识地构建出多种科学发展模式，以统一地理解科学的历史。他们的工作虽然引起了科学史与科学哲学之间的一场联姻并导致科学史－科学哲学个案研究的发展，但科学史家终而因其有着明显的反历史倾向而对之加以拒斥。此外，一些科学社会学家和科学史家将外在论的观念推进到相对主义的极端，构建出科学社会史强纲领，试图通过彻底破坏关于科学知识的自主性概念，以求实现对科学知识的本性的统一理解。对此，大多数科学史家同样难以接纳。

　　80年代末以来，围绕科学史编史方法、科学史的价值、科学史家在理智上的独立性、新型综合科学史著作之编纂、科学史的未来、科学史之新的综合等主题，许多不同国家的科学史学者进行着深刻的反思。

　　概言之，现代文明发展到21世纪的过程，是科学的作用日益深入到社会的每一个方面并从根本上改变整体文明面貌的过程，是科学和理性不断得到上扬的过程，同时也是科学文化与人文文化相裂分的过程；因此，现代社会必须对于科学的性质及其历史作出深刻的理解与反思，并以此作为实施科学文化－人文文化之整合的理论基础。因此，科学史这门学科的基本使命就在于：从历史文化角度对科学的性质、对科学在人类社会中的整体运作方式及过程，作出系统理解和全面反思，并在人类文明的整体历史框架中重建人类科学活动的历史。