上海大学是全国最早实行完全学分制的高校。从1997年开始，该校又率先推出不按学年按学分收取学费的规定。每个学分的收费标准，按上海市物价局核定的本科4年学费除以教学计划规定毕业修满学分得出。比如，96、97级学生每学年学费标准为2700元，4年本科毕业应完成315±5学分，每个学分收费＝2700×4÷（315±5）＝35元。后几届学生因学费标准提高，每个学分收费也相应提高到48元或65元。就是说，学生如果正常完成学业，两种方法的收费金额是相同的。
但是，不少学生在学年结束时，发现学费结算金额明显高于学年学费标准。教务处处长叶志明解释，出现这种情况主要有两个原因：一是学生选课时脱离实际学习能力多选课，又未及时办理退课手续；二是考试不合格的学生重修课程，学校按原学分值再次收费。
这种收费方式究竟是否合理？校方认为，既然学生付费上学，大学就该把更多的学习自主权还给学生，学校对教育资源的管理也应引入市场观念。学生考试不及格重修，就是再次使用了学校的教育资源，再次收取学费不仅符合经济原则，也有利于督促学生勤奋学习。反过来说，随着考生年龄、婚否限制的放宽，将来会有越来越多“边工作，边学习”的大学生，他们可以用五六年甚至更长的时间来完成本科学业。如果继续用按学年收费的方式，显然有失公平。
事实上，学分制对高校管理提出了更高的要求。在实行按学分收费的同时，上海大学还推出全天连续排课。从早晨8点至晚上8点35分，包括午饭和晚饭时间在内，学校排足13节课，供学生按自己的安排选课。计算机房、实验室和食堂等“全天候”开放，随时为学生服务。而在其它高校，每天一般只排6—8节课。这样一来，不仅为学生提前毕业创造了条件，也等于将学校紧张的教育资源增加一倍。食堂不再那么拥挤了，计算机也不再是“放旧的”，而是“用旧的”。