据了解，造成教育费附加欠征的主要原因是教育费附加的依附性大，缺乏独立性。教育费附加以纳税人实际缴纳“三税”额为征收依据，征、减、免、退，随“三税”同步进行，操作上缺乏独立性，在一定程度上存在滞欠。教育费附加的征收没有业务经费，影响了征收工作的有效开展。其次，由于教育费附加本身不同于税收，对税务部门来讲，没有刚性的执法依据，征收难度大，再加之地方上存在重“税”轻“费”的倾向，纳税人在资金紧张的情况下，先缴税，教育费附加少缴、漏缴也不违法。此外，在征管上也存在征管脱节的问题，教育费附加的收入返还不到位。增值税、消费税由国税局征管，随其附征的教育费附加却由地税局征收，征收与管理很难同步，教育费附加的收入由市、县(区)教育部门分配，一些企业办学单位不能及时足额得到应返还的教育费附加，使这些单位对缴纳教育费附加产生抵触情绪，给征收工作也带来了困难，由于这些原因造成的教育费附加滞欠，山西每年至少应该在5000万元以上。
农村教育费附加从1996年开征以来，山西省政府明确规定由地税部门负责征收，但目前征管渠道仍然没有理顺，全省119个县区中仅有21个县区由地税部门负责征收，剩余80%的县区仍由乡(镇)征收。造成这种现象的原因有四：一是实行乡征县管体制的乡(镇)政府不愿放弃对该附加的征收、使用和支配权，担心征收的农村教育费附加交上后不及时返还或返不回来。二是计划下达与收入统计口径不一。目前，农村教育费附加的管理使用方式有县管乡用、乡管乡用、乡管村用、村管村用四种，征收的多渠道、管理使用方式的多形式，造成征收计划下达时，有教育、地税、财政、政府等多个部门参与；上报收入时，政府部门将一些集资款、摊派款、村民为学校的出工等都计入收入数字中上报，但财政和税务部门仅上报地税部门的征收数，造成了征收计划口径无法统一，使计费依据难以确定。三是一些乡镇浮夸政绩，也使征收数字失真，使上年农民人均纯收入指标不准确，致使许多村委和农民对乡镇提供的征收依据不认可，拒绝交费。四是农村教育费附加的征收在农民卖粮款中扣划，这种做法由于政策依据不足，国家又三令五申不允许粮食部门在收购粮食时代扣除农业税外的各种税费，这也是造成农村教育费附加征收难的一个客观原因。
针对上述情况，山西目前正积极采取有效措施，加大两种教育费附加的征收管理工作，拟联合成立省、市(地)、县三级教育费附加征收管理办公室，加强对两种教育费附加的征收、稽查、检查、管理工作，严格依法办事，确保教育费附加的足额征收。