初中分层次教学是指根据日常学生反映出的实际学习能力将学生分成两类，一种是学习轻松，较有余力的；另一种是学习上存在较大障碍并有厌学倾向的。学校将课程表进行调整，专门指派教师对两类学生实行分类教学。对学有困难的学生降低教学要求，甚至从小学基础课程抓起。南京一中校长陈良琨强调，分层次教学绝不是变相分快慢班，因为它并不打破原有的行政班制。有人戏称：这种教学法是让学生背着书包跑教室上课。
实际上，由于小升初就近免试入学政策包括南京一中在内的南京很多学校今年都遇到了生源良莠不齐的问题。据南京一中的有关人士透露，今年该校四分之一的初一学生存在学习困难，一个班上既有学生数学考满分，也有学生考2分。据了解，南京一中的分层次教学法已得到绝大多数学生家长的支持，许多家长希望孩子能在学习上重新振作起来，达到初中合格的要求。南京市著名中学语文特级教师孙芳铭指出：过去由于九年义务制教育观念的影响，不让一个学生掉队的思想一直根深蒂固。但实际情况是，老师授课是顾上就顾不到下。而给初中学生分层次教学无疑是对传统观念的挑战。
据悉，南京一中的初中分层次教学法已得到南京一些中学的响应，它们也准备采取措施对不同学习能力的学生区分对待。