其二，问题众多与具体问题具体分析的矛盾。在日益复杂的现代社会中，各种各样的心理问题越来越多，而依据唯物辩证法的具体问题具体分析的要求，必须对每一个问题进行有针对性的分析，以求达到对问题的真正了解和认识，真正找到解决问题的办法，而不是依据表面的感觉和浅显的认识就作出。但是，显而易见，真正实施“具体问题具体分析”需要太多的时间和精力，而“概括化诊断”却具有表面上的高效，对此，我们应该如何取舍呢？
其三，课时较少与要求效力持久的矛盾。心理健康教育是新开的课程，是“副课中的副课”，因而课时量很少；同时，中小学是基础教育阶段，我们也不忍心再去要求更多的时间。但是，心理健康教育要求对学生施加持久的影响，使学生在以后甚至一生的学习和生活中能够使用在心理健康教育课上所学的一切去处理所遇到的心理问题。达不到这样的要求，心理健康教育就很难说是成功的。这是一对尖锐的矛盾最后，心理健康教育在中学教育中常常遭到误解。人们或者把它当作大学心理课的“下放”，或者把它当作小学活动课的“提拔”，这其实都是不对的。心理健康教育课程具有自己的内涵，它绝不是其它课程的“克隆”或变相模仿，它具有自身的特点和与其它课程不同的本质属性，它以培养学生健全的人格为终极目标，在这个终极目标的引领下，它产生了自己独特的教学方法，它既不注重知识的掌握，“偏离”了陈述性知识学习的轨道，也不注重技能的运用，“背叛”了程序性知识学习的规范，它是一种关于反省的认识，它反省自身、反省他人、反省社会，反省可以反省的一切。