加强宏观管理
电子注册制度的关键，在于注册制度在学历证书管理方面的首次实施。瞿振元认为，这意味着在扩大高校办学自主性的同时，国家对学历证书的宏观管理将进一步加强。
学历证书制度是国家教育的一个基础性制度。在我国，它与劳动人事制度、干部制度、职资制度密切相关，影响着一个人的就业、待遇、职称等，如果这一制度不完善，就会给其他制度及很多方面的工作带来诸多麻烦。同时，学历证书还有国际互认和信用的问题，如果不加强管理，假文凭、泡沫文凭很多，容易导致一个国家的学历证书在国际上失去信用，严重损害高等教育的国际形象。所以无论从国内管理的角度，还是从国际交往的需要，以及从我国高等教育发展的自身实际情况看，都应既放权，又加强管理。在国外，也有一些国家对学历证书发放实行注册制度，并对社会公开。这次在具体管理办法的改进上，就借鉴了国外的经验，一改过去在学历证书管理上只在数量上控制的做法，首次实施证书注册制度。凡学历证书未经注册的，国家不予承认。
遏止假文凭泛滥
证书注册实行“电子化”，并供社会网上查询。这是信息化社会发展的要求，也意味着多年屡禁不止的假文凭泛滥的现象将得到根治。
学历证书是一个人一段时间学习经历和学习成果的证明，对于个人而言是其资质和能力的标志。假文凭泛滥，一方面对学校声誉造成恶劣影响，使真正的学历文凭“贬值”、知识“贬值”，另一方面也严重危害着社会公平，腐蚀社会肌体，为广大高校、学子和用人单位深恶痛绝。最典型的一例莫过于前江西省副省长胡长清一人就拥有一套本科毕业的假文凭和30多个假证件。而电子注册制度的实施，无疑将对遏止假文凭发挥巨大的作用，从根本上解决假文凭泛滥现象。
提高政务效率 另一角度讲，电子注册、网上查询的实施，也意味着我们的政府部门在新形势下，正在悄悄地转变工作职能，服务社会的意识在增强。
瞿振元介绍，电子注册制度去年已在北京、天津、重庆、辽宁、湖北五省市进行试点，在相关软件技术和管理办法上取得了丰富的经验，从今年起全国各类高等教育学历证书将统一实行这一制度。今年是注册制度实行的第一年，同时高等教育毕业生有200多万，数据量大，对数据的准确性和网络的安全性上都有很高的要求，对此教育部已经下发通知作了部署，确保电子注册制度的顺利实施。
今年的工作完成后，教育部还将开始从2000年逐年往前，对改革开放后各高等教育单位已颁发的学历证书登记入库、上网。注册后证书的所有数据将在“中国大学生”网站上设登录窗口，供社会查询。