据悉，青基会已向国家审计署提出审计申请，并准备聘请国际会计师事务所对其进行年度审计以证自身清白。
自１９８９年成立以来，青基会和“希望工程”共接受海内外助学捐款逾２０亿元人民币，用于资助２４９万贫困失学儿童求学，在中国各地建设８８９０所希望小学，使近３００万学生能够在希望小学享受新校舍的温暖。
１９９９年参加在北京举行的“希望工程”国际研讨会的来自联合国机构和１４个国家的代表达成共识，“希望工程创造了世界公益事业发展史上低成本高效率运作的奇迹”。然而，这样一个造福社会、泽被子孙的慈善事业，为什么会被指称“违规投资”？
此间专家认为，“希望工程”长久以来“零成本运作”的现实和中国在相关法规的制定执行方面不完善等多方面因素是造成以青基会为代表的一批中国公益项目遭遇尴尬的根本原因。
据悉，公益机构通过投资实现基金保值增值是国际惯例。捐款中列支项目管理和行政费用以保证公益机构运营在国际上也是得到捐助方和受助方普遍认可的行为，一般管理费用可达捐款的２０％左右。青基会作为经手上亿元资金捐赠和拨付工作的大型公益组织，其日常运营和“希望工程”的运作必然需要相当的成本投入。但是事实上，青基会和“希望工程”的生存环境却远远无法与其国外同行相提并论。
以“希望工程”中最为人熟知的“１＋１”助学项目为例，每发放资助一名失学儿童完成小学学业的４００元善款需要支付４０元用以解决发放过程引致的交通和联络费用；接受一笔捐款，邮寄发票的费用也需１．３８元。在没有国家行政拨款的情况下，基金会仅在“发放成本”这一项费用上就面临巨大压力。同时，由于“希望工程”助学款是一次性捐助、逐年拨发，补齐由于价格上涨和费用增加造成的助学款差额也为青基会带来很重的财务负担。
国务院１９８８年公布并沿用至今的《基金会管理办法》第９条规定：基金会工作人员的工资和办公费用，在基金利息等收入中开支。在中国人民银行连续调低储蓄利率的前提下，青基会无法依靠微薄的暂存款利息保证项目的顺利运行。青基会秘书长顾晓今说：“投资增值是不得不为的事。”
《基金会管理办法》第７条规定：基金会可以将资金存入金融机构收取利息，也可以购买债券、股票等有价证券，但购买某个企业的股票额不得超过该企业股票总额的２０％。《中华人民共和国公益事业捐赠法》第１７条第２款规定：“公益性社会团体应当严格遵守国家有关规定，按照合法、安全、有效的原则，积极实现捐赠财产的保值增值”。
面对尚不成熟的中国资本市场，中国人民银行在１９９５年曾经发文要求基金会委托金融机构进行投资活动，但是并没有为青基会等公益性组织推荐可靠的信托投资公司代理增值业务，此项规定也已经在２０００年废止。据青基会官员介绍，他们曾与有关投资机构就投资风险问题进行接洽，得到的答复是风险自负。
青基会数字显示，有鉴于防范风险，保证助学项目的顺利实施，青基会成立了由专业投资人员组成的部门，在不影响所有助学款项按期、足额发放的前提下，依照有关法规管理并利用待拨款投资，实现增值总收益４６５１万元。
青基会常务副理事长徐永光说，青基会的投资项目中确实有盈有亏，但是总的效果是盈大于亏，投资增值对于保证“希望工程”的顺利实施起到了至关重要的作用。研究中国公益组织的专家和业内人士认为，青基会目前面临公众的质疑虽然源于个别人出自一己私利进行的操作，但却揭示了中国非营利性组织和非政府组织在法律、政策和文化环境等方面遭遇的困难，带有普遍意义。
目前实施的１９８８年版的《基金会管理办法》只有１４条，９００多字，对于基金会项目的设计和执行，基金会的评估等方面的规定已经无法适应社会发展的要求。尽管如此，中国科学院国情研究中心研究员康晓光表示，青基会应该一如既往地真诚面对社会和公众的监督，敦请国家审计署尽快进入审计程序，得出审计结果，向公众提供可靠信息。
虽然青基会和“希望工程”目前遭遇的危机仍然有待于权威的审计和评估进行之后才能有个令人信服的结论，但是作为中国最具影响力的公益事业项目之一，“希望工程”在救助失学儿童方面的实质成果是有目共睹的。