“行政院”的命令立即招致台北市政府民政局的反弹，指「罗马拼音」虽是大陆发明使用，但已受联合国认同，“行政院”是以政治考量来作决定。
台北市政府民政局长林正修认为，不敢采用汉语拼音，是存在□被大陆统一的焦虑。原本有关的文字语言学者的共识都是汉语拼音法，新“政府”上台后却政策急转弯，「完全以政治性考量」、「一厢情愿的独断独行」。
林正修表示，去年由当时的“行政院副院长”刘兆玄邀集相关单位开会，会中即决议以汉语拼音法做为中文译音的方法，没想到不到一年的时间就改变，如果新“政府”不能提出合理的解释，将难以面对国人。
民政局针对“行政院”的决定发表声明，指出通用拼音法在台北市实地实施后，确实有窒碍难行之处，经民政局与外籍人士多次讨论，都认为汉语拼音是目前通行多数华文地区的拼音法，台湾应以与世界接轨的角度考量，而非完全以政治性考量，因此，“中央”应再广徵意见。