在教育经费的管理和使用上，安徽省教育厅坚持改革预算管理，改善支出结构，保证重点建设。具体工作中，则从理顺财务管理体制入手，强调各级负责人的经济责任意识，在重大经费支出上坚持实行民主决策，不搞“一言堂”。从1994年起，安徽省教育厅就实行财务“统一领导，集中管理”的模式，先后撤销了21个财务点、40个银行账户，在省属高校推行预算外资金“收支两条线”管理。
安徽省特别注重发挥预算拨款的调控功能，实现有限教育资源的优化配置。全省还对高校后勤人员经费按定额经费的1/3扣减，逐步实现后勤实体与高校剥离的目标。此外，实行预算拨款与学校编制挂钩，对超编部分每年扣减人员经费定额的1/3，对缺编部分奖励人员经费定额的1/3，使经费的支出结构得到了优化配置。同时还在高校建立了投资效益年度考核制度，从不同侧面考核各校的收支状况。
对于专项经费的使用，安徽省积极推行项目追踪管理制度，明确项目建设内容和目标效益，建立项目责任制，层层落实配套资金，并建立了项目专户，确保专款专用。