1985年《中共中央关于教育体制改革的决定》提出：“实行基础教育由地方负责、分级管理的原则。”十几年来，实际上形成了“农村义务教育农民办”的格局。据教育部发展研究中心在1998年选取7个省的26个样板县的调查：农村义务教育的投入，中央补助约占1％，省补助占11％，县投入占9.8％，其余78.2％由乡和村筹集。这在当时农村率先进行经济体制改革，乡镇企业蓬勃兴起，农民收入逐年增长；而政府采取“放权让利”，财政收入占GDP的比例逐年下降的特定条件下，调动了农民办学积极性，对普及九年义务教育，解决农村学校危房起了很大作用。但同时也加重了农民的负担。
近几年，农民收入停滞不前，城乡差距拉大；政府收入已由1992年的3500亿增长到16500亿，近5倍。占GDP的比例已提高到17.25％，中央财政收入已占到总财政收入的一半以上。在这种情况下，不减少农民对义务教育的负担，加大中央和省市县的责任，不但影响“普九”任务的发展和巩固，还会影响我国经济的持续、健康、快速发展。 从明年起要在全国逐步推行的农村税费改革会使农村财政体制发生很大变化，原有的以乡镇为主的投入体制已经难以为继。因此，必须制订新的农村义务教育投入的体制和机制。今年4月经国务院批准，国务院办公厅印发了《关于完善农村义务教育管理体制的通知》，提出了“在国务院领导下，由地方政府负责，分级管理，以县为主。”的体制。《通知》将各级政府对农村义务教育的责任作了明确规定，并对保证各项投入提出了较具体的措施，特别是提出了“确保农村义务教育投入不低于（税费）改革前的水平，并力争有所提高。” “确保国家统一规定的农村中小学教职工工资按时足额发放，不再发生新的拖欠。”等目标。
应该说，这是一个很好的文件。下面对如何落实和完善《通知》，提几点建议： ㈠ “以县为主”做为管理体制是必须的，但做为投入体制，必须要因地制宜，不能“一刀切”。
经济发达地区，县财政较富足，“以县为主”进行投入完全可以。在苏南地区、珠江三角洲地区，甚至乡镇财政就可以负担，不必“以县为主”。
在东、中部地区有些省的财政是较好的，但下面有些贫困县是“吃饭财政”，甚至“饭”也吃不饱。“以县为主”保证不了义务教育的需要，这就要加大省级财政的责任，有些严重贫困地区甚至要“以省为主”保证投入。
在西部各省和中部地区的农业大省，省财政捉襟见肘，这就要中央加大转移支付。尤其是现在尚未“普九”的450个县，其中391个在西部，他们大部分是国家级贫困县，又处在老少边穷地区，“普九”十分困难，中央应负主要责任。
㈡ 要建立对农村义务教育投入的专项转移支付制度。
由于分税制后的转移支付更多地是为保证地方政府不降低收入，因而对贫困地区的倾斜力度不够。而且一般转移支付中没有规定农村义务教育应占的比例，地方政府拨款随意性很大。因此，如果想通过转移支付补足贫困县义务教育开支的缺口，必须制订专项转移支付的制度和办法，否则《通知》中的种种要求容易落空。
㈢ 因地制宜，规定农村义务教育各项经费的定额和各级政府应承担的比例。
现在对农村义务教育的投入随意性很大，靠领导人的重视和拍板。应该按《通知》要求，经过深入调查研究，按照当地自然和经济条件，确定教职工编制和收入水平，确定公用经费定额，确定图书、仪器设备、教学设施标准，确定危房标准和年检制度等等。所有必要的经费必须确保。并规定县财政中义务教育投入的比例和中央、省转移支付应保的要求。这样才能使农村义务教育投入科学化、制度化。
㈣ 落实《通知》还要注意的问题。
第一、农村还有大批的“代课教师”，越贫困地区越多，这个问题要重视解决。
第二、“借债普九”造成的欠债据统计达500亿元。“以县为主”难以完全解决，要研究采取措施，否则纠纷不断，影响学校正常秩序。
第三，有些贫困户连“一费制”的钱也交不起，这是“辍学率”高的主要原由。有专家统计，国家级贫困县义务教育全免费，约需30亿元。可否专项解决。 ㈤ 要建立严格的监察制度，保证该拨的经费及时足额到位；保证义务教育经费不被挪用、侵占；保证对农民不乱收费。
各级人大、政协和审计机构应建立定期检查制度，发现问题要督促政府及时纠正。还应加大教育投入的透明度，使学校和教职工心明眼亮，发动他们自下而上进行监督。
总之，《通知》已为农村义务教育投入设计了一个好框架，还待各级政府认真落实，并从实际出发，不断完善这一体制，保证农村义务教育的巩固和发展。