高等教育大规模扩招基本上是在原有的学科专业结构框架内进行的，几乎所有高校的学科专业同步增长，未能很好地考虑到未来经济、科技和社会产业结构发展以及人才市场的预期需要，专业设置存在一定的盲目性。例如，此次扩招，省属高校分担了扩招总规模的70％以上，尽管这些高校扩招热情高，并采取了相应的措施，但由于其中多数高校基础较差，起点较低，质量难于保证。同时，一些就业率本来已经相当低下、人才需求市场趋于饱和的专业，如财政、金融、工商管理、会计、法律、外贸等专业，这次扩招的幅度比较大，加剧了学科专业的结构性过剩，毕业生就业形势严峻。据统计，我国高校新兴学科专业如信息类、生物工程类、生命科学类18种专业2000年在校生已占全国在校生总数的16％，但师资、课程、培养方案、教学条件的相对落后，也影响和制约这些专业的快速发展与质量的迅速提高。
尽管2000年高校专任教师比1998年增加了13.6％，但远远低于普通高校招生数和在校生数的增长幅度，导致师资需求紧张，总量不足。例如，扩招后，我国高校师生比平均达到了1∶16.2，超过了美国1∶14.2和国际经合组织国家1∶14.4水平。假如按照1∶14标准计算，我国高校尚缺少几万名教师。特别是外语、数学、计算机等基础课程任课教师短缺问题比较突出。在这些学科或专业，师生比甚至超过了1∶20。极端例子如个别高校计算机专业，总共有专职教师12名，但学生数却超过了1000名，师生比为1∶83，如果将其他系部为本系开设基础课的教师也加进来，师生比也不会低于1∶30。因教师不足，致使遭受教师工作量过大，教学负担过重。据有关部门对99所高校外语教师情况调查，周课时一般为14节以上，其中20—29节之间的占教师总数的32％，30节以上的占5.4％。而据专家研究，外语教师周课时在8节左右最为适宜。班级教学规模膨胀过快，合班上课、一两百人上大课现象增多，教师组织教学难度加大，影响教学质量和教学效果。
同时，与其反差强烈的是，长期以来教师教学投入不足现象没有得到根本的扭转。有些教师未将时间和精力放到教学上，而是放到教学以外的兼职或研究上，教学成了应付差事，甚至出现不备课、迟到、早退、逃课或找人代课等教学事故。
“教授不讲授”现象在一定范围内依然存在。据统计，2000年教育部所属的71所高校中，有1／3的教授和1／5的副教授没有承担相应的本科生的教学任务。其中有5所高校，有70％左右的教授、副教授不承担本科生教学任务。
虽然各省市有关部门相当重视并采取各种有效措施抓紧改善办学条件，但是，学校办学条件的改善进程远远落后于扩招的速度，满足不了扩招对教育资源的需求。以生均计算，教学基础设施指标呈全面下降趋势。如，与1998年相比，2000年全国普通高校生均占地面积减少了22平方米，生均校舍面积减少了6平方米，生均教学及辅助用房减少了2平方米，生均教学仪器设备投入减少了550元，生均图书占有量减少了33册。1999年，国内75所高等医学院校办学七项重要指标中，大多数院校未达到教育部规定的最低标准。西南某省33所高校中，全部在用的教学仪器设备有1／3以上已经达到报废程度，专科与职业技术学院的生均教学仪器设备总值不足500元，全省高校生均年购新书量不足2册，全省高校图书中50％左右内容老化，基本无法使用。据某省调查，由于资金有限，高校实验材料不能满足教学需要，甚至无法开设实验课。不少实验课成了教师演示课。由于现代教学技术严重落后，“信息自动化专业教师在黑板上演示计算机操作程序，农学院教师在黑板上种植，冶金系教师在黑板上炼钢”等现象并不少见。正是由于教学设备不足，技术落后，才使得我国高校教学流于“纸上谈兵”，理论脱离实践、忽视学生动手能力培养的问题始终得不到解决。在教学条件不能满足需要的同时，还存在教学仪器设备闲置和利用率不高的问题，据2000年对教育部所属的56所高校40万元以上的贵重设备利用率进行统计，每台设备每天利用时间平均只为2.5小时，而低于1小时的竟占30％，这些设备用于培养本科生，每台年均培养量仅为30人。
我国高校教学内容和课程体系虽几经改革，但内容陈旧、结构不合理、人才培养模式落后的状况依然存在。具体表现在：一是具体知识和内容陈旧。无论在自然科学、技术科学还是人文社会科学领域，与国际先进水平相比，存在着相当大的知识差距，有些知识、观点和材料早已为国际所淘汰，在我国仍然作为主导观点加以传播；以计算机教材为例，据统计，我国高校计算机专业使用5年前编写的教材的比例占50％，三年前编写的教材比例为30％，专业知识陈旧现象比较严重。二是过分重视陈述性、事实性和记忆性材料的教学，忽视原理性、策略性、发展性和创造性的知识教学；过分重视确定性的内容，忽视不确定性的、前沿性的内容，课程教材缺乏对学生智力发展的刺激性和挑战性。广西省的有关调查表明，30％以上的大学生认为教学内容不能激发自己的学习兴趣和进一步进行探究的愿望，无助于实践能力的形成。三是课程结构和人才培养过于僵化与封闭，重视学科的完整性而忽视学科与学科的结合，学科与学习者的结合，学科与社会的结合；课程计划刚性过强，弹性不足，限制了学生自由选择与发展的空间。不少学生认为，大学课程脱离社会实际与今后职业生活需要，必修课过多，自由选修余地小，自己想学习的内容，学校很少能够满足。
有专家指出，我国高校教学管理观念和体制滞后，管理队伍不稳定。同时缺乏一整套体现现代教育教学规律、适应现代科技与社会进步和市场经济发展需要的科学有效的管理思想、管理体制、管理方式和管理机制。“以教学为本、以学生为本、以教师为本”的管理思想和服务思想还停留在形式上；教学管理制度不健全，漏洞较多；在高校，教学工作中心地位没有得到落实，教学管理队伍不稳定，校、院系两级部门在教学管理和教学研究上，投入的时间和精力严重不足。一些高校教务处处长反映，教务工作很少有机会被列到高校校务会议讨论，教务管理干部变动过于频繁，教务部门掌握的资源相当有限，缺乏其他管理部门或具体院系的支持和配合。