教育部门目前全面实施分层次教学面临诸多困难。办学条件不适应。据了解，今后几年内，是初、高中生人数的高峰期，由于人数多，校舍改造跟不上去，致使不少初、高中学校班额过大。而分层次教学一个很重要的原则就是家长愿意，学生自愿，自主选班。因此，形成学生选择某一层次过多而另一层次过少的情况，造成教室不够用，不能满足教学要求。师资力量薄弱，尽管我市去年实行了“双聘制”，教师的学历达标率有所提高，但从适应素质教育的要求出发，一些教师的综合素质，还不能满足分层次教学的需要。缺乏科学的评价标准，因为分层次教学是因材施教，每个层次的学生最终达到的教育目标也是不相同的。由于受应试教育的影响，社会习惯于用“升学率”的高低来衡量和评价一所学校办学质量的好坏和教师水平的高低。其实，转变一个后进生与培养一个优秀生，应当说同等重要，甚至转变一个后进生比培养一个优秀生所付出的代价还要大。而目前我们对分层次教学尚没有制订出科学的评价标准。
分层次教学尚面临来自家长方面的压力。在实行分层次教学的学校里，一些家长只坚持这样一种过于偏执的看法，无论学校分几个层次，都要让学生进“最好”的班，由最好的教师上课，即使是自掏腰包也不在乎。然而实际情况是，基础差、起点低的学生与高层次的学生在思维能力、学习习惯等方面所存在的差距，不是在短时间内或是在一个班里学习就能很快缩小的，有时恰恰相反，这种差距反而被拉大了。后进生因课堂听不懂课而最后被落下的事并非个别。
对此，专家们建议，分层次教学应稳步推进，教育部门应该有计划地选择一些办学条件较好的学校，做好试点，积累经验，再逐步推开，使分层次教学真正体现出“因材施教”的特点。