但是，在肯定这套计划、大纲和教材突出特点的同时，也不可否认这套计划、大纲和教材仍然还有许多不合人意之处，有些问题并没有得到令人满意的解决，有待继续研究改革。国家教育委员会副主任柳斌同志，1992年8月25日在《全国九年义务教育教学工作会议》上的讲话谈到这套计划、大纲、教材的问题时说：“课程计划、大纲还有不足之处。受种种原因的制约：有的教学内容仍然比较陈旧；课程改革还没有取得突破性进展；负担过重问题还没解决好，开设的科目还是较多。”（柳斌：《基本普及九年义务教育是实现小康目标的重要条件》，见《课程·教材·教法》杂志，1992年11期）关于这些问题，可从两个方面来说，一是关于课程计划存在的问题；二是关于教学大纲和教材存在的问题。
一、关于课程计划存在的问题
1．课程的门类依然偏多。按新课程计划规定，小学阶段开设思想品德、语文、数学、社会、自然、体育、音乐、美术、劳动等九科，此外还规定有条件的学校可增设外语。初中开设思想政治、语文、数学、外语、历史、地理、化学、劳动技术等十三个学科，此外还要开设一些短期课。这个计划和以前的计划比，主要是在小学阶段把原先的历史和地理合并为社会课，其他教学科目依然没有合并和减少。所以，教学科目的门类依然偏多，以综合课的办法适当减少教学科目的设想，还有待研究和实验。
2．周课时总量的问题。在开始修订课程计划时，许多同志曾提意见，希望减少周课时总量，通过减少周课时总量的办法以减轻学生的课业负担。但是修订的结果，课程计划的周课时总量并没有什么大的变化，和现行的计划相比仍然差不多。例如，按“五．四”制计划规定，小学一年级周课时总量虽说最少，但也达到对节，初中三、四年级达到36节；按“六．三”制计划，小学一年级周课时总量最少，为30节，初中三年级最高，为每周37节。因此周课时总量如何减少依然是个问题。
3．各类学科的课时比例问题仍需要继续研究解决。这次修订计划的一个要求就是合理调整各门学科的课时比例，使各类教学科目在课程计划中的比例更加合理。经过调整后，某些学科课时偏多或偏少的问题有所解决。但和其他国家比，各门学科的课时比例问题，仍需要研究和论证。
4．课程计划的统一性、灵活性和多样性相结合的问题，虽然由于增加了地方安排课程、有一定程度的解决。但是，地方安排课程的时间仍然偏低。课程计划在适应各地经济、文化发展不平衡的需要上，仍然没有很好地解决。这是课程计划方面存在的需要探讨或有待解决的几个主要问题。
二、关于教学大纲和教材方面的问题
1992年四、五两个月，国家教委中小学教材审定委员会办公室，在北京召开了审查义务教育教学大纲和教材的会议。在这次会议上，对于各科大纲和教材己作了评价。审查委员们认为，各科教学大纲和教材的建设，取得了一定成绩。尽管如此，但面对 334改革开放的迫切要求和未来世界的挑战，作为义务教育的大纲和教材，在适应现代化建设的需要上，还存在着一定的问题。较为突出的问题有以下几点。1．有的自然学科教学体系、教学内容比较陈旧，还不能反映现代科学技术的新发展，落后于时代的要求。例如，化学中无机化学仍占很大比重，其他化学内容十分薄弱，不能满足作为一个现代社会成员对一般化学常识的需要。 数学教材中，传统的教学内容比重过大，近代数学的思想和方法很少。例如，欧氏几何内容所占的比例很大，算术和代数的实用性也较差。生物教学大纲仍承袭过去传统的旧内容和旧体系，与现代生物科学的发展不相适应。 2．社会学科的内容与国内外形势的发展，也不相适应。如何运用马克思主义的观点回答现实中存在的问题，对学生进行有针对性的思想教育，是迫切需要研究解决的问题。 3．有的学科教材在实践问题上薄弱，对如何培养学生动手操作能力，缺乏切实的措施。义务教育的课程计划和教学大纲，对加强劳动技术教育和实践问题，以及培养学生动手实验能力和操作技能，提出了要求，作了规定。但对如何落实这些规定和要求，教材缺乏有力的保证，这直接影响到我国劳动者素质的提高。
以上这些是课程计划、教学大纲和试用教材各自存在的一些问题。此外，课程计划、教学大纲和教材在相互关系方面，有些问题也值得我们探讨。从理论上来讲，计划指导大纲，大纲指导教材，三者是一个统一的整体，不能相互脱节。但从实际上来看，计划、大纲和教材在相互配合和相互制约方面，有些问题还需要进行一步探讨。例如，在同一个计划和大纲指导下编写的同一样教科书，有的全套达80余万字，有的不足40万字，两套教材的份量相差一倍。教材的字数关系到教材的内容多少和知识量。两套教材份量如此悬殊，其原因是什么？这是由于教科书编者对大纲的理解不同造成的？还是说两套教材都符合大纲要求，这是教科书的风格特点所在？类似这样的问题是我国实行“一纲多本”新出现的现象，有待研究。