根据新课程计划，小学阶段以综合课程为主，小学低年级设置品德与生活、语文、数学、体育、艺术(或音乐、美术)；小学高年级设置思想品德与社会、语文、数学、外语、综合实践活动、体育、艺术(或音乐、美术)。初中阶段设置分科与综合相结合的课程，主要包括思想品德、语文、数学、外语、科学(或物理、化学、生物)、历史与社会(或历史、地理)、体育、艺术(或音乐、美术)以及综合实践活动；高中以分科课程为主。走课程综合化的道路，这是本次课程改革在课程结构方面的一个重要突破。
据专家分析，我国现行中小学课程门类过多，内容交叉重复，课程设置缺乏宏观统筹及整体优化，造成学生课业负担过重。另外，从小学一年级就开始精细地分科教学，容易忽略对学生综合能力的培养，不利于学生形成完整的知识结构。同时，过细的分科教学，也给师资配备带来困难，尤其是广大农村地区。近几年，重新整合学科知识、突出课程的整体教育功能的呼声越来越强烈。
传统的分科课程有很大的优越性，但综合课程也有分科课程无法替代的优势，它可以提高人的整体认识、理解问题的能力，开阔学生视野，同时也可以解决课时的有限性与内容的广泛性的矛盾。因此，专家普遍认为，综合课程和分科课程是两种功能互补的课程形态，分科课程注重知识的逻辑结构和知识的相对独立性，而综合课程强调知识的丰富性和联系性，两者不可能相互取代。
专家认为，开设综合课程有利于培养儿童综合利用知识解决实际问题的能力，儿童与成年人一样，他们所认识的周围世界，不是以学科的形式出现，而是综合的整体的自然事物或社会现象。小学是儿童由自然地认识世界向科学地认识世界过渡的起步阶段，课程适度综合，更符合儿童认识事物的特点和认识能力的渐次发展。
专家还认为，课程的综合不是简单的内容删减，也不是简单的拼盘。课程综合化趋势主要表现在，重新审视传统的学科分类体系，弱化学科界限，改变单纯以学科的逻辑来组织课程内容的做法。目前，综合课程有三种基本形式，一是以知识的逻辑结构为主线组织教材；二是以主题或解决问题为主线组织教材；三是以学生活动为主线组织教材。总之，综合课程设计的原则是浅、广、新。
据专家分析，综合课程的出现，势必会对学生的学习观念和方法产生深远影响。首先，综合课使学科知识学习走向综合化，这意味着在学习现有分科知识时，不能把它们看成孤立的体系，要设法在各科知识之间建立有机的联系，对所学知识要有一个综合的认识。第二，综合课程在内容选择上注重自然科学、社会科学和人文科学的结合，既传授科学知识和方法，又培养学生的人文精神，注重兴趣、动机、意志的培养。第三，综合课程强调科学技术和社会的关系，强调学生的学习不应该只是解题目，而应该联系社会生活实际，将所学知识加以运用，并在这个过程中培养分析问题和解决问题的能力，这对学生来说是终身受益的。