据了解，目前深圳民办学校除存在管理滞后，造成非法办学屡禁不止外，还普遍存在收费标准不统一和乱收费的现象。有一些民办学校办学条件基本相同，但物价部门批准的收费标准却相差甚远。像福田区某学校与福田保税区小学相比，两个学校的办学条件和课程设置基本相同，但物价部门批准的收费标准差别很大。前一所学校经批准，每个学期每名学生的教育收费是1万元，而福田保税区小学仅批准收取3500元。
民办学校和幼儿园还普遍存在教师待遇低、文化素质不高、队伍极不稳定等问题。有的青年教师学校一毕业便应聘到民办学校和幼儿园工作，由于户口不在深圳，工作了三、五年还拿不到《教师证》。
此外，许多私立和非法的民办学校存在严重的安全隐患。罗湖区有一个小学，学校里有900多个孩子。但这间学校的一楼和二楼都是市场、餐厅，三楼和四楼是教室。教室右边的消防通道从一楼到四楼都是长期封死的，三楼的左边有一个进出口通道上课时还用铁门锁住，根本没有消防部门验收。一旦发现火灾事故，后果不堪设想。