在决定逐步实行十二年制义务教育的同时，北京也清醒地意识到，当前北京基础教育还存在着不少问题和困难，主要表现为管理体制、办学体制、运行机制、教育内容和模式相对封闭，不能适应首都社会经济发展的实际；基础教育投入不能满足教育规模不断扩大、办学标准不断提高的要求；区县间、校际间发展水平不平衡，不能适应居民对子女接受高质量教育和获得均等教育机会的现实需要；人才培养模式相对陈旧，干部、教师队伍的整体素质还不高，教育思想和观念、教学内容和方法的改革尚未取得突破性进展，等等。北京的情况在全国具有一定的典型性，因此，与北京实行十二年制义务教育的规划相对应，对于全国范围内九年制义务教育实行过程中存在的问题和困难，也必须予以高度重视。
当前全国九年制义务教育首先面临着经费投入不足的问题。1990年制定的《中国教育改革和发展纲要》提出，2000年左右国家财政性教育经费支出占国民生产总值的比例应达到4%，但事实上这些年来该比例一直在3%以下（同期世界各国平均为5．1%，发展中国家平均为4．1%）。财政性经费的严重不足，正是不少地方的学校和主管部门乱收费屡禁不止的一个主要原因。在经济不发达地区特别是农村地区，普通家庭不堪重负，中小学生辍学现象突出。广东决定每年拨出3亿元专项资金，用于免收全省农村困难家庭约77万子女义务教育阶段的书杂费，此举如果能很快引来一大批仿效者，实在善莫大焉。
如何让流动人口中的200余万适龄少年儿童享受九年制义务教育，是我们必须正视并解决的另一个问题。政府在1996年制定了《城镇流动人口适龄儿童、少年就学办法（试行）》，1998年颁布了《流动人口儿童、少年就学暂行办法》，今年6月发布的《国务院关于基础教育改革与发展的决定》进一步明确指出，“要重视解决流动人口子女接受义务教育问题，以流入地区政府管理为主，以全日制公办中小学为主，采取多种形式，依法保障流动人口子女接受义务教育的权利。”流动人口也为流入地的经济社会发展做出了贡献，政府理应将他们的子女的义务教育纳入当地规划，列入地方财政预算。当前以户籍为基础的义务教育管理体制，今后势必逐步让位于以地区总人口（含流动人口）为基础的义务教育管理制度。